Otro de los puntos más polémicos del calendario son las edades establecidas para las vacunaciones. Para la Asociación Española de Pediatría (AEP), administrar la vacuna de la varicela a los 12 años es demasiado tarde ya que el 90% de los menores han pasado la enfermedad a esa edad.
El acuerdo se produce tras lograr una pauta común en la administración de la tosferina, virus del papiloma humano, meningococo C y varicela. En febrero de 2012 ya se acordaron las pautas de vacunación para las vacunas de la hepatitis B, difteria-tétanos-tosferina, haemofilus influenzae y polio, así como la triple vírica y la dosis de refuerzo de tétanos y difteria. Pero algunas comunidades autónomas, como el País Vasco, ya han informado que mantendrán su actual calendario.
Dentro de dos años se revisará de nuevo la edad de vacunación teniendo en cuenta el contexto y las coberturas de vacunación. El calendario ha quedado establecido como norma general y abierto a las excepciones que por motivos epidemiológicos se produzcan.